リモート側で存在しなくなったブランチをローカルのリモート追跡ブランチから削除する git fetch --prune
git fetchするとリモートブランチの情報を取得して、リモート追跡ブランチ(例：remotes/origin/hoge)としてローカルに表示されるようになります。
リモートブランチ、リモート追跡ブランチについては以下のサイトが参考になります。
取得したリモート追跡ブランチの情報ですが、リモート側（GitHubやBitbacketなど）でブランチを削除したり、マージ時に削除したりといった操作で存在しなくなっても、ローカルのリモート追跡ブランチの情報は残ったままです。
リモート側のブランチがなくなった後にgit fetchだけしてもリモート追跡ブランチは残ります。
git fetch --pruneというように--pruneオプションを付けると、リモート側で存在しなくなったブランチのリモート追跡ブランチ情報がローカル側から削除されます。
削除というとちょっと怖いですが、リモート追跡ブランチはリモート側のブランチの情報なので、これがローカルから削除されても何も問題はありません。
ローカルの作業（？）ブランチが消えることは無いので安心です。
